In de afgelopen paar eeuwen is de natuur van Bonaire enorm veranderd. De gevolgen van grootschalige houtkap zijn nog verergerd door het grazen van de vrij rondlopende geiten, varkens en ezels. Hierdoor konden bomen en planten zich niet meer herstellen. Ook heeft de mens veel uitheemse planten en bomen naar het eiland gebracht die de oorspronkelijke begroeiing kunnen verdringen.

Momenteel overheersen drie tot vijf boomsoorten in de natuur van het eiland. Van sommige inheemse bomen resteren alleen nog enkele volwassen grote bomen. Verschillende andere boomsoorten zijn bijna uitgestorven. Het vermogen van de bossen om diensten aan de mens en de natuur te leveren is drastisch aangetast.