Sommige dier- en plantensoorten worden beschermd door internationale afspraken. Daarnaast kan ook het bestuurscollege beschermde soorten aanwijzen. De soorten die voor rifvissers van belang zijn, staan hieronder vermeld. Voor het totale overzicht van beschermde soorten wordt verwezen naar het ‘Informatieblad beschermde soorten’ op de website van het openbaar lichaam Bonaire (www.bonairegov.com).

Alle walvissen, dolfijnen, haaien, roggen en zeeschildpadden die in de wateren van Bonaire voorkomen zijn beschermd door verdragen (internationale overeenkomsten). Ook alle zachte- en steenkoralen zijn beschermd. In feite is het hele onderwaterpark en alles wat erin voorkomt, levend of dood, beschermd.

In het onderwaterpark, behalve in de visreservaten, mag worden gevist met traditioneel visgerei. Toch zijn volgens de lijst een aantal vissen en andere zeedieren beschermd. De meeste van de genoemde vissen komen voor op de rode lijst van bedreigde soorten van de World Conservation Union (IUCN). Het gaat om vissen uit de categorie CR (critically endangered), categorie EN (endangered) of categorie VU (vulnerable). De overheid is door de internationale gemeenschap min of meer verplicht deze vissoorten te beschermen.

Papegaaivissen zijn beschermd vanwege hun ecologisch belang. Ze spelen een sleutelrol in het ecosysteem. Papegaaivissen zijn grazers die nodig zijn om onze koraalriffen vrij te houden van algen.
Zeebaarzen worden steeds zeldzamer en staan aan de top van de voedselketen. Ze hebben ook een toeristische waarde, net als de zeeschildpadden, haaien en roggen.
Kreeften zijn overbevist. Aparte beheersmaatregelen zijn nodig om de kreeftenstand op peil te houden en te verbeteren. Kreeften mogen alleen worden gevangen tussen 1 november en 30 april. En alleen langs de oostkust tussen Malmok en de Willemstoren. Een kreeft waarvan de kop en de romp samen (carapax) kleiner is dan 12 cm. mag niet worden gevangen of gedood. Ook eidragende kreeften mogen niet worden gevangen of gedood.
De karkó staat in de lijst omdat deze zeeslak overbevist is.

Lokaal beschermde zeedieren

Zeevissen
● Balistes vetula, pishiporko rabu di gai, koningstrekkervis, queen triggerfish
● Dermatolepis inermis, olitu, zeebaars, marbled grouper
● Epinephelus itajara, djufes, itajara, Goliath grouper, jewfish
● Epinephelus striatus, jakupepu, Nassau tandbaars, Nassau grouper
● Lachnolaimus maximus, hòkfes, everlipvis, hogfish
● Lutjanus analis, kapitán, snapper, mutton snapper
● Lutjanus cyanopterus, karaña, snapper, cubera snapper
● Scaridae, gutu, papegaaivissen, parrotfishes
● Thunnus obesus, buni wowo grandi, grootoogtonijn, bigeye tuna

Ongewervelde zeedieren
● Panulirus argus, kref, kreeft, Caribbean spiny lobster
● Panulirus guttatus, kref, gevlekte kreeft, spotted spiny lobster
● Panulirus laevicauda, kref, kreeft, smoothtail spiny lobster

Zeeschelpdieren
● Strombus gigas, karkó, grote kroonslak, queen conch